진행 과정에서 플레이어는 랜덤으로 등장하는 포켓몬들과 전투를 벌이고, 이들을 포획하여 팀을 강화할 수 있습니다. 전투 후에는 다양한 아이템을 획득하거나 구매할 수 있어, 지속적인 강화가 가능합니다.

보통 진화의돌 진화의 경우 기술 되살리기가 아니라면 기술을 새로 배우지 않는 경우가 많은데, 진화의 돌이 기술을 되살리는 아이템(기억버섯)보다 더 귀하기 때문에 주력으로 채용할 생각이 있다면 발견 즉시 진화시키는 편이 좋다.

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또한 생생버블등 원작에서 파트너 포켓몬만 사용 가능한 기술 중 일부는 알 기술 등으로 다른 포켓몬들도 사용할 수 있는 경우가 있다.

뮤는 본가에서도 그랬듯 모든 기술머신을 배울 수 있다. 덕분에 뮤를 스타팅으로 들고 가면 선택지에서 기술머신 바겐세일이 벌어진다.

더블배틀로 주로 진행하는 덥배런 특성상 두 포켓몬을 광역으로 재우고 포획 및 이탈시키는데 사용한다. 낮은 명중률은 노가드로 상쇄되니 큰 상관은 없는 편.

로그라이트의 게임 방식을 차용하고 있기 때문에 한 웨이브 종료 시점마다 상점이 열리고, 랜덤하게 지급되는 아이템 중 하나를 획득할 수 있다. 많은 로그라이크 게임처럼 어떤 아이템이 등장하는지에 따라 게임 난이도 차이가 크다. 이 때문에 포켓몬 하나에 여러 종류의 아이템을 지니게 할 수 있게 되었지만, 그 대신 기존의 방식처럼 배틀 포켓 로그 도중 원하는 타이밍에 아이템을 사용할 수 없다.

참고: 설정 메뉴의 키보드/게임패드 옵션에서 컨트롤을 사용자 정의할 수 있습니다.

완성한다면 클래식과 동일하게 준 무적의 포스를 자랑하는 조합. 다만 틈만 나면 튀어나오는 틀깨기나 화학변화가스, 배짱 등에 뚫릴 수 있어 클래식 이상으로 허를 찔리는 일이 여러 차례 나오며, 클래식보다 훨씬 바이옴이 자주 바뀌는 만큼 갑자기 튀어나온 모래바람에 급사당하는 경우도 많다.

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본격적으로 강력한 성능의 아이템들이 등장한다. 대부분의 아이템들이 일단 집어두면 후회하지 않을 아이템들로 구성되어 있다. 상징하는 아이템은 하이퍼볼.

진화 단계를 남긴 포켓몬을 파티에 포함한 상태로 클래식 또는 챌린지 모드를 클리어해야 사용할 수 있다. 미진화체 상태로 거다이맥스를 한 피카츄나 이브이, 나옹, 두랄루돈에게는 이 아이템의 효과가 적용되지 않는다.

반대로 비리디온, 케르디오 등 극히 일부를 제외한 대다수 격투 타입 포켓몬들, 공격력이나 특수공격력이 상당히 높은 고스피드 봉지내구형 포켓몬들 중 대다수는 반전 챌린지에서 좋지 않다.

따라서 포켓몬을 교체하거나 다른 기술을 써서 상대 포켓몬을 쓰러뜨리는 타이밍을 바꿔야 다른 결과를 이끌어낼 수 있다. 또한 역으로 상대가 언제 교체하는지, 언제 기술이 빗나가는지 등을 알아내서 해당 타이밍에 안전하게 교체하거나 랭크업을 하는 등의 전략도 가능하다.